Согласно пункту 2 статьи 220 Налогового Кодекса имущественный вычет предоставляется на основании заявления налогоплательщика при условии предоставления необходимых документов. Одним из таких документов является Свидетельство о государственной регистрации права собственности.
Ваше право на квартиру возникло в 2010 году, обратились в налоговый орган за предоставлением вычета Вы тоже в 2010 году. Таким образом право на имущественный вычет возникло у Вас в 2010 году.
Налоговый вычет предоставляется в том налоговом периоде, в котором возникло право на такой вычет, т.е. в Вашем случае в 2010 году. В соответствии с тем же пунктом 2 статьи 220 НК если в налоговом периоде налоговый вычет не может быть использован полностью, его остаток может быть перенесен на последующие налоговые периоды до полного его использования.
Таким образом, вычет Вы будете получать через своего работодателя, который не будет исчислять и уплачивать НДФЛ с ваших доходов, а будет перечислять его Вам в полном размере.
В результате налоговый орган в Вашем случае прав. О каком письме налогового органа идет речь - не ясно.